กลไกใหม่ในการถ่ายทอดไวรัสซิกาจากมารดาสู่ลูกในระหว่างตั้งครรภ์ ซึ่งเป็นกระบวนการที่เรียกว่าการแพร่เชื้อในแนวดิ่ง เซลล์พิเศษที่บุโพรงมดลูก ทำหน้าที่เป็นแหล่งกักเก็บสำหรับการแพร่เชื้อไวรัสผ่านรกในช่วงไตรมาสที่ 3 ซึ่งถือว่าทั้งทารกในครรภ์อ่อนแอต่อการติดเชื้อซิกาในช่วงไตรมาสแรกและสำหรับข้อบกพร่องที่มีมา แต่กำเนิดที่ร้ายแรงกว่าที่สังเกตพบในการตั้งครรภ์ระยะแรก
การแพร่เชื้อในครรภ์ที่อาจทำให้เกิดการผิดรูปร้ายแรงและความเสียหายของสมองในทารกในครรภ์และทารกที่กำลังพัฒนา การแพร่เชื้อในแนวตั้งของไวรัสซิกาได้ดีขึ้นและป้องกันการติดเชื้อในเซลล์ของมารดาได้สำเร็จในช่วงแรกของการตั้งครรภ์ ไวรัสจะไม่ผ่านรกไปถึงทารกในครรภ์ และมีโอกาสน้อยที่จะทำให้เกิดความผิดปกติรุนแรง สัญญาณเตือนทั่วโลกที่แพร่หลายซึ่งเกิดจากการแพร่กระจายของไวรัสซิกาที่มียุงเป็นพาหะทั่วทวีปอเมริกาในปี 2558-2559 ได้หายไปหลังจากไวรัสทั้งหมด แต่หายไปในปี 2560 กระนั้น การฟื้นคืนชีพยังคงเป็นไปได้ในพื้นที่ที่ยุงลายแพร่ระบาด และไม่มี การรักษาหรือวัคซีนสำหรับการติดเชื้อไวรัสซิกา